Los beneficios del sándalo suelen aprovecharse por uso externo o mediante inhalación de sus aceites. Algunas disciplinas achacan sus efectos sobre las emociones a ese halo sacro que acompaña al árbol de sándalo en ciertos países.
También es milenaria la presencia del aceite esencial de sándalo en preparados afrodisíacos destinados a ser untados en la piel y empleados tanto por hombres como por mujeres.
Más allá de las creencias de cada uno, las propiedades medicinales del sándalo están probadas, en especial sus efectos para tratar dolencias de la piel como pequeñas grietas, excesiva sequedad o incluso irritaciones de origen alérgico.
También se emplea el sándalo en uso oral, pero en estos casos debe tenerse mucho cuidado con las dosis pues el aceite esencial de sándalo es neurotóxico y, además, no todos los aceites esenciales se obtienes de una forma compatible con su posible ingesta. El hecho de que el sándalo sea una especie amenazada aumenta el riesgo de obtener sustancias adulteradas si se busca su aceite sin tener conocimiento.
En medicina tradicional china se emplea, además del sándalo común, otra variedad llamada sándalo blanco, menos amenazada, para el tratamiento de problemas del aparato respiratorio así como infecciones del tracto genitourinario por vía oral. Mediante su uso local, tanto el sándalo blanco como el sándalo común se emplean, mezclados con otras plantas medicinales, para calmar dolores musculares, especialmente dolores de espalda.